El traumàtic comiat de Johan Cruyff va crear una gran crisi social en el club, Núñez va confeccionar la nova etapa 1996/97 amb Bobby Robson com a nou entrenador i amb la incorporació de nous jugadors provinents del mercat europeu que s'havia obert a causa de la nova Llei Bosman. Aquests jugadors foren Luis Enrique, Pizzi, Vítor Baía, Couto, Giovanni Silva, Blanc i, per sobre de tots, el del brasiler Ronaldo, que provinent del PSV Eindhoven, va costar 2.500 milions de pessetes. Aquest jugador aconseguí el pichichi de la Lliga amb 34 gols i fou determinant en la victòria dels tres títols aconseguits: Supercopa d'Espanya, Recopa d'Europa, i la Copa del Rei.Tot i els tres títols assolits, la crisi social continua i Núñez es veu obligat a canviar d'entrenador, contractant així Louis Van Gaal i deixant el que fou el traductor de Robson, Jose Mourinho, com a segon entrenador.Van Gaal es trobà en la seva primera temporada sense el jugador més decisiu de l'anterior perquè després d'un llarg es