Després de la desaparició de la Haibara mentre buscaven l'entrada de la misteriosa Torre Fosca, segueixen les desaparicions d'en Genta, d'en Mitsuhiko i de l'Ayumi. En Conan es troba sol davant del perill, amb la responsabilitat de trobar els seus amics, però també de resoldre un presumpte assassinat i de trobar un tresor que encara no se sap del cert si existeix, o si és una altra de les maquinacions d'en Seitaro Kyodo.
