A los pocos meses de su boda, María se da cuenta del tremendo error que ha cometido al casarse con Lord Darnley, pero ya está embarazada y no puede deshacer el matrimonio. María depositará su confianza en David Rizzio, espía al servicio del papado, lo que provoca los celos de Darnley y la ira de la nobleza protestante, que se aprovechará del despechado marido para tramar el asesinato del favorito de la reina. El papado abrirá una investigación. Entretanto María se enamora del conde Bothwell, quien acude al rescate de la reina. Pero el conde tiene sus propios planes con respecto a Darnley. Mientras, Felipe II tiene que hacer frente a la revuelta protestante en los Países Bajos y al problema sucesorio, a causa de su hijo Carlos, cada día más enajenado.
